我国增值税实行“环环征收、道道抵扣”的链条机制，除特殊情况外，都实行凭票抵扣。从增值税原理来讲应该是上个环节征多少税，下个环节就抵扣多少税，征扣税保持一致，这样才能保证税收中性。但在实际中，为了鼓励某些产业发展，给了一些特殊规定，如免税农产品也可以计算抵扣进项税额等。

目前，增值税进项税额抵扣方式有如下几种：

一、农产品核定扣除。因为免税农产品也可以计算抵扣进项税额，造成大量虚开虚抵现象，为调整和完善农产品增值税抵扣机制，在部分行业进行农产品增值税进项税额核定扣除办法。对于农产品部分主要采用投入产出法、成本法、参照法核定纳税人当期允许抵扣增值税进项税额，不再凭票认证抵扣和计算抵扣。

二、凭票勾选确认（认证）抵扣。主要包括增值税专用发票、机动车销售统一发票、海关进口增值税专用缴款书（部分需要稽核比对相符后抵扣）、收费公路通行费电子普通发票。这些扣税凭证都相当规范，除特殊情况外，勾选确认（认证）后直接按扣税凭证所列增值税额抵扣进项税额。

三、凭票计算抵扣。主要包括未纳入试点的纳税人取得的免税农产品销售（收购）发票，桥、闸通行费发票，购进国内旅客运输取得的注明旅客身份信息的航空运输电子客票行程单、铁路车票、公路、水路等其他客票。

四、凭票面注明税额抵扣。主要包括从境外单位或者个人购进服务、无形资产或者不动产，自税务机关或者扣缴义务人取得的解缴税款的完税凭证，纳税人购进国内旅客运输服务取得的增值税电子普通发票。这种情况下，取得的扣税凭证无须勾选确认，直接按凭证上注明的税额作为进项税额进行抵扣。以收购农产品为例，讲讲取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书计算抵扣进项税额的问题！分两种情况：第一种情况是从一般纳税人取得增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书，如果购进用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。此种情况下，取得的增值税专用发票和海关进口增值税专用缴款书仍需勾选确认后方可计算抵扣进项税额。第二种情况是从按照3%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得的增值税专用发票购进的农产品，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；如果购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算当期可抵扣的进项税额。

注：部分省市明确在疫情期间从按照1%征收率缴纳增值税的小规模纳税人处取得农产品专用发票，也适用以上政策。

文件规定只是扣除率的变化，对于“用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额”理解出现了不同观点，有人认为应该直接计算10%的进项税额，有人认为应该是领用农产品时加计扣除1%。请看新修订的增值税申报表：

    《增值税纳税申报表附列资料（二）》还有“加计扣除农产品进项税额”一栏，应该还是需要加计扣除的。

第一种情况举例：自一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票，发票注明价款100000元，适用税率9%，税额为9000元，购进时按9%抵扣进项税额：

借：原材料     100000　　

应交税费——应交增值税（进项税额）    9000　　

贷：银行存款  109000

假如当期全部领用，需计算加计扣除1%：

借：生产成本   99000　　

应交税费——应交增值税（进项税额）   1000　

　贷：原材料    100000

第二种情况举例：自小规模纳税人处购入农产品，取得其自开的增值税专用发票，发票注明价款100000元，适用征收率3%,税额为3000元。

1.  非用于生产加工13%适用税率货物，也需要计算抵扣进项税额100000×9%=9000元；

借：原材料      94000　

　应交税费——应交增值税（进项税额）   9000　

　贷：银行存款  103000

2.用于生产加工13%适用税率货物，购进时如上；假如当期全部领用，需加计扣除1%进项税额100000×1%=1000：

借：生产成本   102000　

　应交税费——应交增值税（进项税额）   1000　　

贷：原材料    103000

提醒注意：

1.  纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物，又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。即第一种情形只能抵扣9000元，第二种情形只能抵扣3000元。

2.  小规模纳税人销售流通环节免征增值税的农产品，如果放弃免税开具增值税专用发票，取得方可以按规定计算抵扣农产品的进项税额。农产品进项税额抵扣政策相对复杂，需要准确把握才能使纳税人获得实实在在的好处，把相关政策运用好就是最好的税收筹划！

（来源：亿企赢17win，办税服务中心）